IBS病因尚不明确，目前认为与以下因素有关。

1. 精神，神经因素：IBS患者精神心理异常的出现率明显高于普通人，有研究表明，精神紧张可以改变肠道的MMC，精神刺激对IBS病人比正常人更易引起肠动力紊乱，现代神经生理学认为IBS患者的肠道对于张力和多种刺激的敏感性增加，但这究竟是由于肠壁神经丛及其感受器或传入神经通路上的异常，还是中枢神经系统对肠道的调节异常目前还不明确，另外有研究发现应激可引起大鼠功能性结肠动力紊乱，同时发现应激后一些胃肠道激素的释放增加，说明神经内分泌的调节参与应激所引起的肠功能紊乱反应过程，以上精神，神经因素与IBS的关系，支持目前认为IBS是属于身心疾病类胃肠病的观点。

2 .肠道刺激因素：肠道内某些因素可能改变肠功能，加重原有的肠易激综合征，这些刺激因素包括外部的食物，药物，微生物等，也可能包括消化过程中所产生的某些内部物质，有实验发现腔内抗原激发致敏的鼠肠道可明显诱导鼠肠道收缩活动和产生腹泻，有分析认为，当某些刺激物多次作用于肠道时，可能改变肠道的感觉运动功能以及对于刺激的敏感性，从而使肠管产生“易激性”，有报道IBS病人回肠对灌注胆汁酸的分泌作用非常敏感，但可能未被诊断为胆汁酸吸收不良，短链或中链脂肪酸在吸收容量受限或在小肠内快速运转等的病人中可能到达右半结肠，引起右半结肠出现快速通过的高压力波，这些波极有效地推进结肠内容物并可能引起疼痛和腹泻，这些肠道刺激物在IBS中是诱因还是病因目前尚未定论。