人类口腔和鼻咽有多达1000多种的细菌类型。在正常人中，有益菌可以和人和谐相处，他们提供了很多益处，包括利用生物排斥作用来对抗入侵的病原体， 以及持续性的低水平地刺激人免疫系统，使其随时能迅速的应对微生物的入侵。
进入口腔的菌群也包含潜在的病原体，在条件有利时会增殖从而导致硬、软组织的损伤。当口腔致病细菌占据上风，将会导致口腔疾病或者全身性疾病，引起疼痛不适甚至危及生命！
在牙齿，舌头，颊粘膜，硬腭上的健康微生物群落主要包括链球菌。这些生物能产生粘附素，因而可以在很多地方粘附住。口腔卫生良好的人可以发现这类菌群。
由于菌群受到饮食和生活习惯的影响，会带来不同的病原菌增殖。牙周炎和根管炎相关的菌群包括梭杆菌属，福赛坦氏菌等；致病菌也不限制于牙周病原体， 甚至可以转移到另一个身体部位引起感染，例如菌血症，感染性心内膜炎，动脉粥样硬化，肥胖，糖尿病，不良妊娠等症状。
过多摄入碳水化合物或唾液流减少可引起龋齿，过多的菌斑聚集增加牙周病的风险。口腔生物被膜内、生物被膜与宿主间的复杂代谢及功能互作，促进对菌群失调的耐受性或恢复力。口腔菌群中的“正反馈回路”可能破坏其恢复力：碳水化合物发酵或对菌斑积累产生的炎症应答而引起的酸化，可分别促进生龋齿细菌或牙周致病细菌的生长。菌群维持恢复力的“负反馈”机制包括：产生氨以抑制pH值的下降、脱氮作用以抑制疾病相关的“正反馈回路”。
采用全球领先的MiSeq测序仪全面呵护口腔健康，实时监控并发症风险。CLOUDGENE 通过菌群结构内微生物含量与健康人群与疾病大数据研究按疾病类别进行比对，分析出受检测样本可能存在的疾病风险，有益菌的含量比重等；给出健康护理的合理化建议和措施。
龋病是现代人类社会最普遍的感染性疾病，也是社会和经济负担最沉重的疾病之一。婴幼儿龋（Early Childhood Caries；ECC）是儿童中最普遍的感染性疾病，影响着世界上60%-90%的学龄儿童。ECC导致牙齿组织的缺损乃至整个牙齿缺失，可引发一系列感染和剧烈疼痛，而且还大幅提高了成年后的患龋风险。
同时ECC还影响咀嚼功能和口颌发育，甚至导致错颌畸形，从而严重影响患者生活质量。尤其关键的是，一旦症状发生，ECC就难以逆转。
在健康儿童中，口腔菌群的发育带有明显的宿主生理年龄特征，因此，云鲸基因分析 “口腔菌群年龄(Oral Microbiota Age，OMA)。健康儿童的“口腔菌群年龄”与其生理年龄大体保持一致，但在ECC风险升高乃至发病的儿童中，其“口腔菌群年龄”则显著偏离了儿童生理年龄。因此“口腔菌群年龄”可用于监测和预警儿童龋齿风险。
口腔菌群在出生后的几分钟内并建立，包含了稳定的多物种群落，在宿主免疫系统的动态平衡中起作用。口腔菌群失调可导致龋齿、牙髓感染及牙周病。一个世纪以前，病灶感染理论认为，口腔局部感染可能与某些全身性疾病，包括关节炎、神经退行性疾病等相关；20世纪最后10年，牙周医学概念出现使这一理论被重新重视。牙周共生病原体通过直接入侵，或引起免疫-炎症反应并扩散至全身循环中，从而在某些疾病的起始及恶化中扮演了重要角色。
口腔中的有害新月形单胞菌与超重相关，这种菌最初引发牙周炎，可能会刺激人体炎症反应。牙周病原菌会引发全身炎症，例如牙卟啉邻单胞菌，可增加糖尿病恶化，引发并发症的风险。
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